[所屬分類:行業(yè)動(dòng)態(tài)] [發(fā)布時(shí)間:2025-10-10] [發(fā)布人:楊曉燕] [閱讀次數(shù):] [返回]

構(gòu)建核小體結(jié)合蛋白在線數(shù)據(jù)庫，提供強(qiáng)大分析工具
作者：李晨陽  來源：中國科學(xué)報(bào)
山東拓普生物工程有限公司  http://521google.com.cn
核小體作為染色質(zhì)的基本單位，與各種蛋白質(zhì)的相互作用決定了基因表達(dá)的精確調(diào)控，然而傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)方法在解析這些復(fù)雜相互作用時(shí)面臨成本高、耗時(shí)長等挑戰(zhàn)，好在人工智能技術(shù)的快速發(fā)展提供了前所未有的機(jī)遇。
近日，中國科學(xué)院生物物理研究所研究員周政與北京生命科學(xué)研究所研究員徐純福在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）雜志合作發(fā)表論文。該研究利用最新的AlphaFold3人工智能模型，首次建立了一個(gè)全面的核小體結(jié)合蛋白在線數(shù)據(jù)庫和分析平臺(tái)(http://bigdata.ibp.ac.cn/ncpbindersdatabase-app ; http://bigdata.ibp.ac.cn/analysis-app)。
研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)了獨(dú)創(chuàng)的SF評(píng)分系統(tǒng)，用于定量評(píng)估蛋白質(zhì)與核小體的相互作用強(qiáng)度，就像給蛋白質(zhì)與核小體之間的“握手強(qiáng)度”打分。通過關(guān)鍵參數(shù)整合，確保研究人員能從海量的預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)中準(zhǔn)確識(shí)別哪些蛋白質(zhì)是核小體的“真朋友”。此外，在線分析平臺(tái)可接受多種文件格式（PDB、CIF或JSON），為研究者提供了強(qiáng)大的結(jié)構(gòu)分析工具。
該研究建立的計(jì)算篩選程序?yàn)榭焖儆行У匕l(fā)現(xiàn)和表征核小體結(jié)合蛋白提供了新途徑。這一成果為理解染色質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能機(jī)制提供了重要工具，對(duì)于推進(jìn)表觀遺傳學(xué)研究、疾病機(jī)制解析以及靶向藥物開發(fā)具有重要意義。隨著AlphaFold技術(shù)的不斷進(jìn)步和更多實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的積累，這一在線數(shù)據(jù)庫和分析平臺(tái)有望成為染色質(zhì)生物學(xué)研究的重要資源。數(shù)據(jù)庫發(fā)表兩周內(nèi)，來自數(shù)十個(gè)國家的科學(xué)家已進(jìn)行了數(shù)百次訪問
該研究得到國家自然科學(xué)基金、科技部、中國科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項(xiàng)（B類）的經(jīng)費(fèi)支持，生物物理所蛋白質(zhì)科學(xué)平臺(tái)、生物成像中心提供了重要支撐和保障。
文章鏈接： https://academic.oup.com/nar/article/53/14/gkaf735/8223175
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